根据上述主要职责，市国土资源局（市国土资源执法监察局）内设18个内设机构：

(一)办公室

负责文电、会务、机要、档案管理、电子政务、联络接待等机关日常运转工作；承担信息、安全保密、新闻宣传、政务公开及规范性文件备案工作；承担机关事业单位事务性工作；负责机关综合协调、督查督办工作。

（二）综合指导科

制定国土资源市场、优化资源配置的政策和措施；组织重大课题调查研究的综合协调；负责重要文字材料起草；承担综合统计工作；指导全市乡镇国土资源所建设。

(三)政策法规科

组织拟订国土资源管理地方性法规和规章草案；组织协调实施土地、矿产资源法律、法规和规章；组织国土资源政策调研，协调、审核全市土地、矿产资源管理规范性文件；负责有关土地、矿产资源法规、规定及规范性文件的清理、汇编和咨询工作；办理有关行政复议、行政应诉事宜；指导全市土地、矿产资源法制建设；负责土地、矿产资源法制宣传教育工作；开展土地管理、矿产资源、地质环境法律、规章执行情况的检查；负责全市行政执法目标责任制考核工作。 

(四)规划科
　　编制并组织实施全市国土、土地利用、矿产资源、地质环境等综合规划，牵头组织编制全市国土资源调查评价、勘查、开发、整理、复垦等专项规划；依法指导审核和实施下级国土资源相关规划；编制管理全市土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作，研究有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用等政策措施。

(五)计划财务审计科

负责落实各项财务工作政策法规；依法组织拟定财务会计制度；负责管理省拨工作补充经费及各项土地专项经费；编报并落实年度基本建设、固定资产投资、地质勘查项目投资、土地开发整理项目投资、地质环境保护和地质灾害防治投资计划；负责土地出让金、租金等费用的征缴工作，并进行财务管理监督；负责编报汇总全市矿产资源补偿费补助经费；负责编制全市国土资源管理部门预、决算工作，并对资金使用进行监督管理；负责全市国土资源系统内部审计工作。

(六)耕地保护科
　　负责全市耕地和基本农田保护、农地转用、土地征收、土地整理复垦开发的监督管理工作；承办由国务院、省政府、市政府审批的农用地转用和土地征收的审查、报批；承办乡镇企业、乡（镇）村公共设施、公益事业、农村村民住宅使用集体土地的审查、报批工作；负责实施农地用途管制；负责各类建设项目涉及占用耕地的占补平衡措施的审核实施和监督检查、验收工作；组织编制土地整理复垦开发项目计划，负责组织土地整理复垦开发项目的立项、可研、设计及其成果的审查报批和项目竣工验收工作；承担耕地保护责任目标考核工作。 

(七)地籍管理科

组织实施地籍、土地确权、登记和权属的管理；承办由市人民政府颁发土地证书的土地登记和登记工作；承担全市土地利用变更数据统计汇总上报工作；指导和组织全市土地资源调查、土地利用现状调查、土地利用专项调查、城乡地籍调查、动态监测和土地确权工作；指导全市城乡登记发证工作；规范监管土地调查、登记中介组织行为。 

（八）建设用地管理科
　　负责土地一级市场管理。组织实施城乡建设用地管理工作；规范土地使用权出让行为；承担节约集约用地评价工作；对土地市场实施监测监管（建设用地备案部分）；组织国有土地出让及划拨工作，组织用地项目前期论证；审核用地批准条件，查验各种证件和资料；审核用地项目方案；负责国有闲置土地收回的管理工作；负责组织划拨国有土地使用权和国有土地资产处置、运营管理。

(九)土地市场科

负责土地二级市场的管理。组织实施土地使用权租赁、作价出资和转让、出租、抵押工作；承担建设用地分等定级工作；负责企业改制土地资产处置；负责集体建设用地流转入市工作；负责转让市场土地收购、储备、置换的管理工作；对土地市场实施监测监管，实施地价动态监测；组织实施基准地价、标定地价的测评；对评估地价确认、备案。

(十)矿产开发管理科
　　负责全市矿产资源的管理，依法合理配置矿产资源；并进行监督管理；甲类矿产探矿权、采矿权设置、变更、转让审核报批工作；乙类矿产设置、变更、转让审核登记工作；组织矿业权招标、拍卖、挂牌工作；依法核定矿区范围，处理采矿权权属纠纷；组织建立矿产资源合理开发利用的考核指标体系，对矿山企业的"三率"指标进行监督检查，配合处理矿山企业违法案件的调查处理；按照河道主管部门颁发的《河道采砂准采证》及区域的分布和市场的需求，核发《采矿证可证》。

 (十一)矿产资源储量科

负责组织开展全市矿产资源普查、调查和管理工作；负责落实储量管理办法、标准、规程和登记统计工作；实施矿产资源储量动态监管；承办全市矿产资源补偿费征收入库工作；负责全市新发现太及矿产资源储备上报工作；负责全市建设项目压覆矿产资源储量初审工作；依法管理全市矿业权评估并监督地质资料汇交及有偿使用管理工作；负责在本区域内矿产资源勘查证的审核上报工作；对地质勘查、采矿权活动进行督察。

(十二)地质环境科

依法监督管理地质环境开发利用和保护工作；组织协调、监测、防治地质灾害工作；编制、实施全市地质环境保护、地质灾害防灾、地质遗迹保护规划；监督管理具有保护价值的地质遗迹；依法管理水文地质、工程地质、环境地质、城市和农业地质及地热资源勘查评价工作；负责地质环境和地质灾害施工监督管理；监督检查矿山地质环境的保护及恢复治理；监督地下水的过量开采而引起的地质环境破坏；负责管理和监督矿泉水水源地；负责全市地质环境监测工作；承担地质环境项目审核与监督管理工作。

（十三）地质勘查科

依法监督地勘单位在本行政区域内矿产资源调查评价，编报并组织实施全市地质勘查规划、年度计划并监督检查执行情况；负责在全市行政区内地勘单位外资合作、地质勘查项目施工作业、国拨地勘费的使用监管工作；负责复核勘查登记资质及地质勘查资金使用的监督管理，维护地质勘查秩序；核查地质勘查工作的质量管理及有关项目的开发、验收工作；组织参与地方地质勘查项目的立项、论证、初审、申报、实施及成果的保护工作；保护探矿权人的优先探矿权的优先采矿权。

（十四）信访划界科

受理群众来信，接待群众来访；承办、转送信访人提出的信访事项，协调处理重要信访事项，督促检查信访事项的处理；负责组织信访形式分析，提出相关政策建议；负责市信访联席会议土地征用专项工作领导小组日常工作；指导协调系统内信访工作。拟定土地划界、土地权属争议调处管理办法；承办中、省直单位和部队所属农、林、牧、渔、苇场的土地确权划界、落界登记工作；负责中、省直、部队所属单位、跨县（市）区域之间和市内其他重大土地权属争议调处工作；指导县（市）土地确权划界和土地权属争议调处工作；承担市政府土地划界领导小组办公室的日常工作，代市政府领导参与全市土地权属问题的行政复议、诉讼等项工作。

（十五）执法监察审理科

拟订执法监察及案件查处规定；负责市局立案调查处理的国土资源违法案件和全市重大案件的审理工作；组织全市国土资源的执法监察专项检查，协调相关部门开展联合执法；受理和督促上级交办、群众举报等违法线索的调查处理；负责执法监察工作情况综合、统计。

（十六）土地执法监察科

监督检查全市土地管理法律、法规执行情况；对全市土地规划执行情况、农地转用、土地征用、土地资产处置、土地使用权交易等进行监督检查；组织查处重大土地违法案件，查处县（市）人民政府、国土资源主管部门及相关单位违反土地管理法律、法规的行为；指导县（市）查处土地违法案件。

（十七）矿产执法监察科

监督检查矿产资源管理法律、法规执行情况；对矿产资源保护与利用规划执行情况、矿业权出让、转让矿产资源开发利用等进行监督检查；查处矿产资源重大违法案件，查处县（市）人民政府、国土资源主管部门及相关单位违反矿产资源管理法律、法规的行为；指导县（市）查处矿产违法案件。

 (十八)人事教育科

负责局机关、直属单位的机构编制、人事管理和干部管理工作；承担县（市）国土资源局领导班子及副科级以上干部的有关管理工作；承担系统人才队伍建设工作；编制并组织实施系统教育培训规划和年度计划；实施系统目标责任制管理、评比表彰工作；负责系统文明单位建设工作；组织协调全市国土资源对外合作与交流；负责机关及事业单位的离退休干部管理和服务工作。

机关党委

按党章规定设置， 负责局机关和直属单位党群工作。 

纪检监察室

负责局机关及所属单位的纪检监察工作；指导县（市）局党风廉政建设和反腐败工作。

直属分局

为市国土资源局的派出机构，负责市辖区乡镇（村）的国土资源管理全面工作。